Viện Đại học Vạn Hạnh nguyên thủy đặt cơ sở ở chùa Xá Lợi và chùa Pháp Hội nhưng đến năm 1966 thì chuyển sang địa điểm xây mới cất ở số 222 đường Trương Minh Giảng (sau năm 1975 có tên là đường Lê Văn Sĩ), Quận 3, Sài Gòn. Cũng năm đó mở Trung tâm Ngôn ngữ trực thuộc viện đại học, gồm bốn ban: Ban Anh ngữ, Ban Pháp ngữ, Ban Đức ngữ và Ban Nhật ngữ.

Niên khóa đầu tiên khai giảng vào năm 1964-1965 có hai phân khoa đại học: Phật học và Văn học & Nhân văn với 696 sinh viên ghi danh. Năm 1967 thêm phân khoa Khoa học Xã hội. Phân khoa Văn học và Khoa học nhân văn gồm có 7 Ban như: Ban Văn học Việt Nam, Ban Đông phương, Ban Triết học, Ban Tâm lý học và thực nghiệm, Ban Sử Địa, Ban Văn học Anh Mỹ và Ban Báo chí học. Phân khoa Khoa học xã hội, gồm có 5 Ban: Ban Xã hội học, Ban Chánh trị học, Ban Kinh tế học, Ban Thương mại học và Ban Nhân chủng học. Năm 1970 lại thêm phân khoa Giáo dục. Năm 1973 thì thêm phân khoa thứ năm: Khoa học Ứng dụng. Phân khoa này có cơ sở riêng tọa lạc ở Phú Nhuận, Gia Định. Số lượng sinh viên năm 1973 là 3.661 sinh viên.[3]

Thư viện của viện đại học có hơn 25.000 đầu sách, chia thành phân bộ Phật học và Thế học. Ngoài văn tịch tiếng Việt, thư viện còn có nhiều kinh sách tiếng Bắc Phạn, Nam Phạn, Hoa, Nhật, Anh, Pháp, Đức trong đó nhiều bộ kinh Phật giáo.[8]

Viện còn cho thành lập các câu lạc bộ trực thuộc viện như: Câu lạc bộ thiền tập, võ thuật, âm nhạc, thi ca, thư quán Vạn Hạnh, v.v… để sinh viên có cơ hội học hỏi, giao lưu, phát triển thể chất lẫn tinh thần.